Η λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου στεγάζει σπουδαίους υδροβιότοπους με σημαντική χλωριδική και πανιδική αξία. Σε όλη την ευρύτερη περιοχή γύρω από τη λιμνοθάλασσα υπάρχει καθεστώς προστασίας αυτών των περιβαλλοντικών θησαυρών.